Prima stagione
Nell'episodio pilota Una prova per non morire vengono presentati i personaggi e, nella squadra di House, viene approfondito soprattutto quello di Cameron in relazione a ciò che prova per il capo; in Disintossicarsi viene esaminata pienamente la dipendenza di House dal Vicodin; da Sotterfugi a Il minore dei mali House rischia il licenziamento in seguito all'entrata, come capo del consiglio di amministrazione dell'ospedale, di Edward Vogler, un miliardario che vuole tagliare il reparto di House ma che viene infine cacciato dalla Cuddy. In Il caso House viene spiegata la ragione per cui il diagnosta zoppichi e viene introdotta l'avvocatessa Stacy Warner, ex compagna del diagnosta, e nell'episodio successivo, Un uomo solo, compare suo marito, Mark Warner, che House cura.
Seconda stagione
In Padri e figli vengono mostrati i genitori di House ed esplicati i rapporti col figlio; a partire da Vortice viene ripreso il rapporto fra House e Stacy, che riavvinandosi sempre più, porta la donna a scegliere di rinunciare a Mark per il medico, ma quest'ultimo rifiuta di intraprendere una nuova relazione (È meglio sapere). In Caccia al topo Chase e Cameron, la quale è sotto l'effetto delle anfetamine, vanno a letto insieme. In Euforia (episodio doppio composto da Parte I e Parte II) Foreman si ammala e rischia di morire, ma si salva; nell'ultimo episodio della serie, Mr. Jekyll e Dr. House, un uomo spara a House in ospedale, che si fa operare con la ketamina nella speranza che sparisca anche il dolore alla gamba.
Terza stagione
Inizialmente il dolore alla gamba sembra scomparso, ma poi torna, con enorme dispiacere per House; in Pazzi d'amore Michael Tritter, un investigatore di polizia, incrimina il diagnosta per possesso di droga: i due finiscono in tribunale e, in Parole e fatti, il medico viene assolto grazie alla falsa testimonianza della Cuddy. In Errore umano Foreman e Cameron si dimettono e Chase viene licenziato; quest'ultimo e l'immunologa si fidanzano.
Quarta stagione
House è costretto ad assumere una nuova squadra diagnostica, cosa che fa radunando quaranta candidati e "scartandoli" a poco a poco, finché, in Giochi non ne rimangono solo tre, Lawrence Kutner, Chris Taub e Tredici, oltre a Foreman che è stato riassunto. Una della candidate non assunte, Amber Volakis, intraprende una relazione con Wilson, ma in La testa di House ha un incidente mentre è in autobus con House e muore tragicamente in Il cuore di Wilson; la tragedia allontana notevolmente Wilson da House.
Quinta stagione
In Non è cancro viene introdotto Lucas Douglas, investigatore privato assunto da House per spiare Wilson che si è definitivamente distaccato da lui; in Impronte genetiche muore John House, padre del diagnosta, e Gregory e Wilson si riappacificano; in Dolci chili di troppo Tredici aderisce ad un trial clinico per la malattia di Huntington eseguito da Foreman; i due si fidanzano, con un bacio, in Gioia al mondo. Nello stesso episodio Cuddy, che da lungo tempo cercava in tutti i modi di avere un figlio, riesce finalmente ad adottare la neonata tanto sospirata. In Il patto sociale Wilson parla con suo fratello, che non vedeva da nove anni. Nel ventesimo episodio Una spiegazione semplice Kutner si suicida per motivi ignoti: ciò sconvolgerà House, che avrà allucinazioni di lui e di Amber e, dopo aver creduto, in Sotto la mia pelle, di essersi disintossicato dal Vicodin e di aver avuto un rapporto sessuale con la Cuddy, si fa ricoverare in una clinica psichiatrica (Ora ambedue le parti); contemporaneamente Chase e Cameron si sposano.